农民专业合作社贷款贴息资金重在鼓励用于补贴合作社为发展生产经营所需的固定资产贷款，收购农产品，购买农资，农超对接周转资金等流动资金贷款利息和安信小额信贷保证保险保费。
申报的条件是在2010年12月31日前在工商部门登记注册，取得法人资格的农民专业合作社，并且合作社财务会计制度健全，能提供完整的财务会计信息，并按要求登录上海市农民专业合作社财务管理及财政补助资金使用监管系统的合作社，合作社可分配盈余主要按成员与合作社的交易量（额）比例返还。
贴息期限一般为前年的10月1日至当年的9月30日。贴息比例不超过人民银行公布的同期同档次贷款基准利率的90%。市级示范合作社贴息资金由市财政承担，其他合作社贴息资金由市、区县两级政府各承担50%。
贷款贴息资金申请按照自下而上逐级申报原则，由合作社向所在地区县农委提出，区县农委财政部门负责对合作社贴息资金申请材料审核，对上报材料的合理性、真实性、合规性负责，并将审核通过的合作社材料，联合行文上报市农委、市财政局，市农委会同市财政局对区县上报材料进行复审，并向社会公示无异议后，联合行文下拨市资财政贴息资金。