韭菜的主要病害有灰霉病、疫病和锈病等。主要虫害有韭菜蛆、韭菜蛾和潜叶蝇等。生产上要采用以抗（耐）病虫品种为主，以栽培防治为重点，围绕“预防为主，综合防治”的植保工作方针，实行水旱轮作等，将病虫害的危害程度控制在最低水平。
灰霉病是韭菜的主要病害之一，严重时减产20%~30%。疫病可发生于韭菜各部位，尤以假茎和鳞茎危害最重。锈病主要侵染叶片和花梗，病情严重时，病斑布满整个叶片，失去食用价值。
韭菜蛆是双翅目迟眼蕈蚊的幼虫，群居为害韭菜幼茎或蛀入鳞茎，引起腐烂，造成韭叶枯黄，韭菜田成墩成片死亡，危害十分严重。潜叶蝇幼虫是潜叶为害，所以用药必须抓生产卵盛期至孵化初期的关键时期。