番茄青枯病、枯萎病、根结线虫病是通过土壤传播的病害，称为土传病害，是为害番茄地下根部的主要病害，造成番茄烂根死苗。番茄土传病害是重茬病害，连作番茄都会发生，并且很难控制，一旦发病，就无法治愈，损失惨重。番茄土传病害必须以防为主，防止发病，才能减少损失。
番茄青枯病
防治番茄青枯病，首先要培育无病健壮种苗。育苗土壤要用80~100倍福尔马林水溶液淋灌消毒。幼苗期要根部淋施一次800倍47%春蕾·王铜可湿性粉剂水溶液进行灭菌。其次是要做好定植前的土壤消毒工作，在整地时每亩撒施25~30公斤生石灰，以消灭土壤中的假单胞青枯菌。在定植时用硫酸铜和碳酸氢铵作基肥，每亩施硫酸铜8~10公斤、碳酸氢铵40~50公斤，充分搅拌混合均匀后，撒施在定植穴内，盖土后再种植番茄种苗，对减轻番茄青枯病有很好的效果。
再次是在幼苗种植成活后，及时根部淋施和叶面喷洒生物菌剂或细菌杀菌剂进行预防，可以交替使用250~300倍EM菌水溶液、800~1000倍枯草芽孢杆菌水溶液，300~400倍复合生物菌水溶液，500倍0.5%小柴碱水溶液、600倍20%噻菌铜水溶液、1000倍46.1%氢氧化铜可湿性粉剂水溶液、1500倍30%氧氯化铜可湿性粉剂水溶液等进行防治，每7~10天一次，连续2~3次，每次每株淋灌1.5~2公斤药液，均匀淋灌在番茄植株根部周围的土壤中，以水分完全渗透入土壤中不外流为宜，喷洒时均匀喷湿所有的茎叶。
另外，要注意与花生、黄豆、玉米、水稻等作物轮作一季或一年后再种植，注意不要与辣椒、茄子等茄科作物连作。
番茄枯萎病
防治番茄枯萎病，首先要与水稻、玉米、花生、黄豆等作物实行轮作，能明显减轻发病。
其次是进行土壤消毒和种子消毒，无论是育苗地还是移栽田，在播种前和移植前都要用600倍80%敌磺钠可湿性粉剂水溶液或800倍枯草芽孢杆菌可湿性粉剂水溶液浇灌土壤进行消毒。种子也要用1000倍高锰酸钾水溶液浸泡5~6小时，捞起清洗干净后再播种。
再次是及时用药剂防治。在发病初期，用1000倍30%恶霉灵水剂，或250倍6%春雷霉素可湿性粉剂水溶液，或500倍72.2%霜霉威水剂，或500倍0.5%小柴碱水剂，或500倍50%多菌灵可湿性粉剂水溶液等进行灌根防治，每7~10天一次，连续2~3次，每次每株淋灌0.5~1公斤，均匀淋灌在番茄植株根部周围的土壤中，以水分完全渗透入土壤中不外流为宜。
根结线虫病
防治根结线虫病，主要是进行土壤处理。在整地时，每亩地撒施8~10公斤10%氰氨化钙颗粒剂，然后犁耕翻松土地，使氰氨化钙与土壤充分均匀接触，经7~10天后再种植，即能有效地杀灭潜伏在土壤中的根结线虫。在番茄生长发育过程中，每10~15天根部淋施一次1500倍5%阿维菌素、1500倍0.5%藜芦碱混合液，连续淋施2~3次，每次每株淋施1~1.5公斤，均匀淋施在番茄植株根部周围的土壤中，以水分完全渗透入土壤中不外流为宜，即能有效地防治根结线虫为害番茄根系。