因作物施肥人及牲畜粪尿对一般作物都可施用，但最适宜的作物是叶菜类、禾谷类及纤维作物。粪尿中含有大量氯，所以不宜施在甘薯、烟草、马铃薯等忌氯作物上。
腐熟后施用大部分有机肥物理性质比较复杂，有机肥常带有病菌、虫卵和杂草种子，不经过腐熟，对作物生长不利，应经堆沤发酵后施用（可在有机肥中加入辛硫磷等杀虫、杀菌剂）。
以基施、深施为主有机肥肥效长，养分释放缓慢，一般应作基肥施用。深耕时施用有机肥料，有利于土肥相融，促进土壤团粒结构的形成，有效改善土壤性状。
施肥量不宜过大有机肥体积大，养分低，需大量施用才能满足作物的生长需求，但并不是越多越好。如种植大白菜，每亩施腐熟有机肥4000～6000公斤就足够了。
合理混施羊粪的养分含量在家畜粪便中最高，分解速度较快，粪劲较猛，为达到粪劲平稳，应在羊粪中加入猪粪或牛粪混合施用。人粪尿是速效性有机肥，施用时应搭配土杂肥和磷、钾肥。