为进一步改善本市农业生态环境，切实推动农业可持续发展，结合国家现代农业示范区整建制建设，上海将开展农业生态环境保护与治理三年行动（2015-2017）。
在推进农业生态环境保护与治理过程中，上海将重点念好“减、退、转、改、治、保”六字诀。
到2017年，本市化肥亩均使用量（纯量）降到26.5公斤/亩以下，低于全国平均使用量；农药亩均使用量(实物量)降到1.16公斤/亩以下，力争低于全国平均使用量。以规模化畜禽养殖场减排为重点，推进不规范畜禽养殖整治，主要水污染物COD、NH3-N分别下降8%、7%，基本不发生畜禽粪污直排河道现象。
全面推进秸秆资源化综合利用，主要粮食作物秸秆综合利用水平达到95%以上，切实改善空气质量。农田灌溉水有效利用系数达到0.735，设施菜田水质指标达到国家无公害蔬菜水质标准。农药包装废弃物回收率达到90%以上。
“农业不仅仅要保生产、保供给，还要保生态、保安全。”
为贯彻全国加快转变农业发展方式现场会和农业部召开的农业生态环境保护与治理工作会议精神，8月3日下午，上海农业生态环境保护与治理现场会在金山区召开。会议提出，本市将开展农业生态环境保护与治理三年行动（2015-2017）。
会议要求，要解放思想、转变观念，充分认识加强农业生态环境保护和治理的重要性紧迫性。要明确任务、突出重点，全面实施农业生态环境保护和治理行动计划，确保农业用水质量与提高农业用水效率，开展化肥农药减量化行动，加强畜禽粪便综合治理，坚决整治不规范养殖行为，深入推进农作物秸秆综合利用，加强农业废弃物治理。要加强领导，形成合力，把农业生态环境保护与治理的各项任务落到实处。
近年来，上海都市农业发展取得了长足的进步，但农业投入品利用率仍然不高、小规模经营仍占多数，农业生产仍然走不出“多了多、少了少”的低级循环。在推进农业生态环境保护与治理过程中，上海重点念好“减、退、转、改、治、保”六字诀。
“减”，就是要把过量使用的农药、化肥等农业投入品尽快减下来；“退”，就是要把超过农业资源环境承载能力的生产切实退出来；“转”，就是要把农业废弃物转化成为资源和财富，化害为利、变废为宝；“改”，就是要把地力下降的土壤改良好；“治”，就是要把受损的生态环境逐步修复治理好；“保”，就是要把农业发展的根基和命脉坚决保住。
从2000年起，上海已连续滚动实施完成了五轮环保三年行动计划，特别是第五轮农业环保三年行动计划总投资约14.28亿元，在农村和农业生态环境保护等方面取得了较为明显的成效。
孙雷在讲话中指出，“必须依靠科技进步和制度创新，遏制农业生态环境恶化的势头，让生态环境得到休养生息，构建本市农业生态环境保护与治理的长效机制。”会议透露，新制定的三年行动计划由市、区县农业部门及市有关单位计划推进建设36个项目，涉及资金90.74亿元。
根据三年行动计划建设要求，本市将围绕八大内容开展农业环境保护与治理：
一是确保农业用水安全和效率提高。积极推广喷灌、滴灌、水肥一体化等技术，提高水资源利用效率。有计划开展镇村级河道轮疏，确保农业生产安全的用水需要。
二是推进化肥农药减量化。强化化肥减量替代。持续推广使用有机肥，三年推广有机肥不少于70万吨。推广应用高效低毒低残留环保型农药，三年内嘧菌酯、茚虫威、BT等高效低毒农药和生物农药推广应用面积达到900万亩次。调整优化种植结构。三年累计种植绿肥面积不低于170万亩次。
三是深化畜禽污染治理。推进规模化养殖场污染减排治理。至2017年完成30家规模化畜禽养殖场污染减排工作。2016年底前，要完成全市2720家不规范畜禽养殖户的整治任务，2017年底养殖业布局规划调整退养中小规模场18万头标准猪。强化病死畜禽无害化处理。到2017年全市病死畜禽无害化日处理能力扩容达到85 -100吨。
四是加快水产养殖场生态化建设。加快水产养殖场标准化改造。探索推进水产健康养殖示范场建设，示范应用工厂化循环水养殖、池塘生态循环水养殖等技术。
五是加大秸秆综合利用。强化粮油秸秆综合利用。三年秸秆机械化还田面积550万亩次，秸秆综合利用率95%以上。在5个秸秆综合利用示范点稳定运行的基础上，新增1个示范点。探索蔬菜废弃物资源化利用。完成20个蔬菜基地农业废弃物资源利用设备配套。
六是开展农药包装废弃物回收处置。依托农资连锁经营网点，建立农药包装废弃物回收处置体系。在每个乡镇设立1个以上农药包装废弃物回收点，配备可移动的分类收纳桶，委托有资质的单位转运、处置农药包装废弃物。回收、转运、处置各环节设立台帐，规范运作。
七是强化土壤修复保育。以中低产田和蔬菜大棚等障碍土壤修复和保育为重点，争取障碍大棚土壤次生盐渍化的土壤全盐量减少20%，中低产田土壤有机质含量提高0.5%。在蔬菜大棚内开展以蚯蚓养殖和蔬菜废弃物循环利用为主要技术的设施菜田种养模式关键技术试验示范，提高菜地可持续生产能力。
八是开展农业环境质量监测。2017年底完成本市农产品产地重金属普查。2018-2020年，各区县农委对本区域内重污染点进行甄别界定，实施退出机制。开展农业主要污染物流失监测。在青浦、奉贤、浦东等区县6个定点小区开展化肥农药流失定位监测。开展规模化畜禽养殖场粪污监测，水产养殖场排水水质监测，掌握污染排放情况，为科学治理提供有力的数据支撑。
孙雷指出，农业问题“要两个肩膀扛起两个担子”，既要保供给、增收入，又要保生态、保安全。今后，上海的工作重心要实现“三转一路”。
“三个转”：就是要推动农业发展，由数量增长为主转到数量质量效益并重；由主要依靠物质要素投入为主转到依靠科技创新和提高劳动者素质上来；由依赖资源消耗的粗放经营转到集约经营和可持续发展上来。
“一条路”：就是坚定不移走产出高效、产品安全、资源节约、环境友好的现代农业发展道路。